A magyarországi folyókban is jelentős mennyiségű mikroműanyag szennyeződés lehet
Például a Marosban egy kilogrammnyi, mederből származó üledékmintában esetenként akár 40 ezer darab mikroműanyag szemcse is található. Összehasonlításul: az angliai Manchester melletti vízfolyások üledékeiben kilogrammonként legfeljebb 12-25 ezer darab mikroműanyagot azonosítottak az ottani vizsgálatok során. A folyókban szállítódó mikroműanyag lerakódhat a mederben és az ártereken is, és jelentős környezeti kockázattal járhat, ugyanis bekerül a talajlakó állatok, illetve a folyók fenekén táplálkozó állatok táplálékába, és a tápláléklánc révén az ökoszisztéma egészébe, így akár az emberi szervezetbe is. A szegedi kutatók tervezik a Tisza és a Duna, illetve mellékfolyóik mentén is a szennyezés feltérképezését, mivel semmiféle adat nincs a környezetünkben található mikroműanyagok mennyiségéről.