Számos veszély fenyegeti a gyöngybaglyokat
Bár Magyarországon a gyöngybaglyokat nem zavarja már annyira az emberi jelenlét, az elmúlt ezer évben kialakult változatos agrár-ökoszisztémákhoz és az épített környezet radikális átalakulásához azonban már aligha képesek ilyen gyorsan alkalmazkodni.
A legnagyobb veszélyt a közúti közlekedés jelenti a baglyok számára.
Az egész populáció létét fenyegető emberi tevékenység világszerte tizedeli a gyöngybagoly állományát. Európában 100 kilométerenként átlagosan évente 12 példányt gázolnak halálra a gépjárművek. A bagolypusztító gázolásokért részben a faj vadászati technikája a felelős.
A préda után kutató gyöngybaglyok a hallásukra hagyatkoznak, ezért a talajjal párhuzamosan pár méteres magasságban, cikk-cakk vonalban repülnek, meglehetősen alacsony sebességgel, támadásra készen.